Just try to running together in the circle

Sabtu, 26 Februari 2011

Principal people of biotechnology (Part 2)


INTRODUCTION

No one person was responsible for the birth of biotechnology. Many unknown people thousands of years ago created the agricultural and commercial practices that provided the direction for modern biotechnology developments. The principal people of modern biotechnology are from a variety of scientific disciplines. Many of the contributors to biotechnology were biologists. However, it also took the efforts of chemists, computer information scinentists, engineers, medical doctors, mathematicians, and physicists to produce biotechnology innovation.

Contributions to biotechnology’s development vary from the invention of specific laboratory techniques to the formulation of scientific ideas that changed the way scientists viewed nature. Many of the scientific discoveries that built modern biotechnology are usually associated with scientists working in university laboratories. Early biotechnology was predominantly performed by scientists at university. After the 1980s it became more common for scientists working in private corporations to come up with biotechnology innovations. Equally important are the contributions of scientists who work for government agencies such as the US Department of Agriculture or the Kenya Agricultural Research Institute in Africa.

Biotechnology innovations come from many nations. Discoveries are not restricted to the wealthiest nations. Many new techniques have come out of India, Korea, and Mexico. Women have been making contributions to modern biotechnology for many years. Many important principles of DNA function and structure were investigated by woman. The same is true for contributions by people of color. Advances in biomedicine that contribute to cloning and drug design were achieved by Black and Hispanic scientists. Science represents the endeavors of people coming from a variety of cultures and religious beliefs. Many of the early principles of science were developed by Arabic peoples. Scientific contributions are made by Buddhist, Christian, Islamic, and Jewish people. Unfortunately, not everybody was given equal access to science careers early in the history of modern biotechnology. As a result, most of the discoverers mentioned in this section are male Americans and Northern Europeans.

Ok readers… see you in part-3.

Reference
Shmaefsky BR. 2006. Biotechnology 101. Greenwood Press, London. p: 147-148.























Rabu, 23 Februari 2011

SEKITARKU: Aku dan pedagang kalender

Seperti biasa....pulang dari perpus LSI menyusuri koridor aula IPB.  Tadi pagi pas lewat, aku masih ketemu ama bapak penjual kalender itu. "Neng, kalendernya...."  Aku siy senyum aja, sedekah lah kupikir. Nah sekarang aku lewat lagi, dia masih at the same position gitu. Kok  tumben dia nggak nawarin. Pas aku toleh... yaelaahhh... rupanya dia lagi tidur duduk.

Dia pastilah nggak inget kalo awal  Februari kemarin aku pernah beli kalender ama dia juga. Gitu gitu juga kalendernya laris loh, tujuhribuan.... ketimbang di toko tigabelasribuan. Waktu aku beli, ada  2 orang mahasiswa juga yang  beli 10 kalender. 
"Wah.. ngeborong. Kok belinya banyak banget mbak ?"
"Iya.... ibu kos yang nitip, teh. Mau ditaruh di kamar kos."
Mereka trus pergi.

"Neng mau beli berapa?"
"Cuman atu lah, pak." 
"Pilih aja neng. Yang ini bagus... ada kata-katanya neng: Janganlah sekedar menghitung hari-hari, tapi buatlah hari-hari menjadi bermakna. Ada bahasa inggrisnya juga, neng."
"Bacain pak, apa bahasa inggrisnya!" 
"Takut salah, neng. Nggak bisa."
"Pak, saya siy nggak perlu kata-katanya, pak. Yang penting angka merahnya banyak. Pilihin dong pak yang angka merahnya banyakan."
"Kayaknya nggak ada neng, tanggal merahnya sama semua."
"Ah... masa siy? kalo gitu, yang ada kata-katanya deh, pak. Itu tolong ambilin yang ada gambar orang mancing."

Satu pembeli datang lagi, cowok...rapi banget penampilannya, anak FEM kayaknya.
"Mbak... kok telat banget beli kalendernya. Kenapa nggak download aja di internet?" 
"He he... iya.. cuman iseng doang kok mbelinya!"
Sambil pergi aku mikir... iseng? Siapa yang iseng emang? Aku kok iseng banget siy, kok rasanya tidak sopan ngejawab pertanyaan orang. Dianya yang iseng nanya! Lha... emang dia ngapaiiiiin? beli juga bukan?! Download aja dari internet. Simpel, he....

No matter what! Sejak pergantian tahun, setiap kali aku lewat di koridor, udah lima kali aku niat mau beli kalender. Kasihan bapak itu. Dan aaaaakhirnya... tertarik juga dengan kata-kata. Dari beberapa quotes di kalender itu, ada satu yang aku suka banget: no body can go back and start a new beginning, but anyone can start today and make a new ending.   Hoho... dalem banget! Kebetulan aku lagi butuh 'dukungan kata-kata' niy sehabis keliru ngejawab soal di ujian he he..... Aduuuhh!!! kenapa kok bisa keliru yaaaaaccchh!! Tipe soal Betul/Salah tuh...ngerecokin banget...!! padahal jawabannya kalo nggak B ya S. Kalo aku salah ngejawab soal, berarti sebenernya bukan aku yang salah100%, tapi yang bikin soal tuh. Soal kok dibikin susah...khan jadi syusyah ngejawabnya he he...

Pas pulang kampus, pas ujan. Paaasss banget aku lupa bawa payung. Nggak pa pa dech... basah dikit, kena air ujan I feel so fantastic! Hmmmh... the smell of rain....



Selasa, 22 Februari 2011

SAINS: Fungi air tawar

Berdasarkan salinitasnya, lingkungan akuatik dapat dibedakan menjadi perairan tawar, payau dan asin. Hidup di lingkungan akuatik mempunyai kelebihan dibandingkan lingkungan terestrial. Secara fisik, organisme akuatik dapat melayang-layang (buoyancy), bergerak pasif dengan mengikuti arus air, bebas memanfaatkan ruangan tiga dimensi, menyebarkan gamet motil pada medium cair, terhindar dari kekeringan, terlindung dari temperatur ekstrim dan radiasi matahari, serta tersedianya nutrien organik dan anorganik dalam bentuk terlarut. 
Perairan tawar dapat dikelompokkan menjadi 1) sistem lotik  (flowing water) yang meliputi habitat sungai, kali, estuari, dan selokan/kanal, serta 2) sistem  lentik (standing water) yang meliputi habitat danau, kolam, rawa, dan badan air lain yang mempunyai sistem tertutup, dan 3) habitat artifisial seperti  tower pendingin air.  Pada dasarnya, air merupakan sistem yang mengalir sehingga kedua sistem tersebut tidak dapat dipisahkan secara absolut dan hanya dibedakan berdasarkan ketersediaan karbon dan organisme yang terlibat dalam rantai makanan. Lingkungan perairan tawar mempunyai banyak variasi sifat fisik dan kimia, dimana variasi tersebut akan mempengarui kehidupan biota yang menghuninya.   

Fungi merupakan organisme eukariotik non fotosintetik. Fungi dapat dikenali dengan ciri-cirinya antara lain tumbuh membentuk hifa atau pun sel tunggal, dinding sel  tersusun oleh khitin, menghasilkan spora atau konidia, bereproduksi secara seksual dan atau aseksual, mengekskresikan berbagai enzim ekstraseluler dan menyerap nutrien melalui dinding sel.  Belum ada definisi yang tepat tentang fungi air tawar. Beberapa pustaka menyebutkan fungi air tawar sebagai   fungi yang seluruh atau sebagian siklus hidupnya berada di air tawar, termasuk spesies yang tumbuh pada substrat akuatik maupun semi akutik. Dengan kata lain, fungi yang habitatnya jelas di lingkungan perairan tawar maupun mengkolonisasi sisa-sisa tumbuhan  yang terbenam di perairan tawar.  
Fungi air tawar  dianggap berevolusi dari nenek moyang terestrialnya. Banyak spesies yang teradaptasi untuk hidup di perairan tawar dengan mengembangkan propagul yang terspesialisasi untuk membantu penyebaran fungi pada habitat akuatik.  Memang terjadi  banyak tumpang tindih antara taksa spesies terestrial dan air tawar, namun hanya sedikit tumpang tindih antara taksa spesies air tawar dan air laut.


Fungi air tawar memiliki perbedaan dengan fungi terestrial dan laut, baik ditinjau secara taksonomi, morfologi, dan adaptasinya. Namun beberapa spesies fungi seringkali ditemukan pada ketiga sistem tersebut. Begitu banyak spesies fungi air tawar dengan begitu banyak cara adaptasinya. Seperti yang dikaji pada Dothideomycetes, tampak adanya adapatasi pada askospora dan kadang-kadang adaptasi konidia anamorf. Askospora dan konidiospora pada fungi air tawar telah terseleksi dengan sangat baik untuk menyebar dan melekat pada substrat habitat perairan tawar sebagai upaya untuk menyempurnakan siklus hidupnya. 
 Fungi secara dominan berperan sebagai dekomposer dan menjamin keberlanjutan rantai makanan di lingkungan perairan tawar. Keanekaragamnannya yang tinggi serta kesuksesan hidupnya di lingkungan perairan tawar disebabkan oleh kemampuannya beradaptasi terhadap berbagai faktor fisik dan kimia dilingkungan tempat hidupnya. Tercatat banyak spesies  fungi air tawar yang merupakan parasit pada hewan air. Anggota ordo Chytridiales, selain berperan sebagai saprofit, juga merupakan  parasit pada alga dan water mold. Misalnya Nowakoskiella kebanyakan sebagai saprofit perairan tawar sementara  berbagai  spesies  Rhizophydium parasit pada alga planktonik. Coelomomyces  merupakan parasit obligat pada larva nyamuk. Beberapa spesies Zygomycetes hidup sebagai predator yang menyerang amoeba, rotifera, dan nematoda.    Zoophagus insidians   adalah  salah satu spesies Zygomycetes yang hidup di kolam renang dan telah dikaji secara ekstensif berhubungan dengan kemampuannya menyerang rotifera yaitu dengan menghasilkan suatu struktur seperti tangkai adhesiv  pada percabangan hifa bagian lateral. 

Trychomycetes merupakan kelompok obligat yang berasosiasi dengan arthropoda dewasa dan larva, termasuk insekta dan crustacea, khususnya melekat pada bagian dinding usus serangga dengan hold-fast zone. Telah dikaji secara mendalam tentang hubungan simbiosis antara salah satu spesies Trychomycetes, Smittium culisetae, dengan larva nyamuk. Pada kondisi biasa, perkembangan dan metamorfosis  larva  nyamuk  akan  terhambat  ketika  sterol  dan vitamin B semakin berkurang.  Namun ketika larva berasosiasi dengan fungi, tidak terjadi hambatan perkembangan larva. Oleh sebab itu, kemungkinan bahwa fungi tersebut berperan dalam meningkatkan kelulushidupan inangnya dibawah kondisi stres nutrien. Ascomycetes  dan Basidiomycetes banyak ditemukan dilingkungan perairan tawar, kebanyakan diantaranya ditemukan pada kayu dan material organik yang ada di sungai. Baik Ascomycetes  maupun Basidiomycetes menjalankan peranannya sebagai fungi akuatik bila berada pada tahap aseksualnya.
Fungi air tawar sangat beranekaragam bukan? Peranannya pun macam-macam, namun begitu banyak aktivitas manusia yang telah secara drastis menurunkan tingkat keanekaragaman fungi tersebut.

                                                  Ditulis oleh Ernin Hidayati  
                              Terbuka untuk kritik, saran, dan editing.

Referensi

Cai L, Guo XY, and Hyde KD. 2008. Morphological and molecular characterisation of a new anamorphic genus Cheirosporium from freahwater in China. Persoonia 20: 53-58.
Hu DM, Cai L, Chen H, Bahkali AH, Hyde KD. 2010. Fungal diversity and submerged wood in a tropical stream and an artificial lake. Biodiversity and Conservation. Published on line: 6 October 2010.
Michelle KM, Goh TK, Hodgkiss IJ, Hyde KD, Ranghoo VM, Tsui CKM, Ho WH, Wong WSW, and Yuen TK. 1998. Role of fungi in freshwater ecosystems. Biodiversity and Conservation 7:1187-1206.
Pascoal C and Cassio F. 2008. Linking fungal diversity to the functioning of freshwater ecosystem. Fungal Diversity 20:1-19.
Sigee DC. 2005. Fresh Water Microbiology. Wiley. p 371.
Shearer C A, Descals E, Kohlmeyer B, Kohlmeyer B, Marvanova L, Padgett D, Porter D, Raja HA, Schmit JP, and Thorton HA. 2007. Fungal biodiversity in aquatic habitats. Biodiversity and Conservation 16(1): 49-67.







Senin, 21 Februari 2011

INTERMEZO: Waktu kumerindu

Tak ada yang pasti kecuali waktu. 
Karena waktu maka ada masa lalu, sekarang dan masa depan. 
Karena waktu maka cerita dan kenangan kita dapat tercipta. 
Kau pernah bilang bahwa karena waktu maka kita harus menunggu. 
Bersama kita berubah, dari lahir menjadi dewasa, menjadi tua, dan menjadi tiada.
Waktu telah memberikan kesempatan untuk kita berjumpa, berpisah, dan bersama-sama berbuat baik sebanyak-banyaknya. 
Tuhan yang adil telah memberikan kita masing-masing 24 jam dalam sehari semalam, namum mengapa terasa sangat lama? 
Bila tangan dapat menjangkau hanya sedepa, namun hati ini dapat menjangkaumu begitu jauh dimanapun kau berada. Sungguh!!

Jumat, 07 Januari 2011

SAINS: Mikroba pembentuk biofilm

BIOFILM: BERBAGAI ASPEK DARI  BENTUK INTERAKSI MIKROBA 
DENGAN PERMUKAAN SUBSTRAT

PENDAHULUAN

Mikroorganisme  adalah organisme yang berukuran mikroskopik yang eksis sebagai sel tunggal  atau dalam bentuk cluster-cluster sel, meliputi virus yang terkecil (20 nanometer), bakteri,  yeast, mold, alga, sampai protozoa terbesar berukuran 5 milimeter. Organisme yang pertama kali mengkolonisasi bumi ini mempunyai peranan yang sangat beranekaragam, mulai dari penyebab penyakit sampai peranan pentingnya dalam meningkatkan kualitas kehidupan dan kesejahteraan manusia, serta penentu kelangsungan hidup dalam biosfer.
Terdapat tiga masalah utama yang dihadapi mikroba pada situasi habitat  alamiahnya (Neidhardt et al, 1990):
1)    Starvasi dan deplesi nutrien esensial yang berpengaruh langsung terhadap aktivitas metabolismenya.
2)    Kompetisi untuk mendapatkan sisi permukaan substrat sebagai tempat melekat.
3)    Eksposur  dari senyawa kimia berbahaya, baik dari lingkungan maupun yang dihasilkan oleh mikroba itu sendiri.

Pada habitat alamiahnya, mikroba  eksis dalam dua bentuk kehidupan, yaitu planktonis dan sesil. Kehidupan sesil terbentuk dengan cara melekat pada permukaan substrat sebagai suatu struktur kompleks yang disebut dengan  biofilm.   Daerah permukaan material/substrat merupakan habitat yang penting bagi mikroba. Lingkungan mikro pada daerah permukaan  biasanya mempunyai jumlah nutrien yang melimpah dibandingkan bagian bawah substrat. Hal ini berdampak langsung pada laju metabolisme. Misalnya pada ekosistem perairan, jumlah dan aktivitas  mikroba daerah permukaan substrat akan lebih tinggi  dibandingkan pada bagian bawah substrat dan pada bagian air yang mengalir.
Biofilm dapat  dibentuk oleh satu jenis spesies mikroba, dapat juga  terbentuk oleh lebih dari satu jenis mikroba. Selama dalam biofilm,  populasi menjalani kehidupan yang kompleks termasuk melakukan berbagai reaksi biokimia dan menghasilkan substrat yang spesifik.  Dari segi phisiologi, pada jenis mikroba yang sama, cluster sel yang  tumbuh membentuk biofilm berbeda dengan sel panktonik. Sel tunggal bersifat floating dan berenang pada medium cair, sedangkan  sel dalam biofilm harus dapat merespon berbagai faktor termasuk mengenal sisi perlekatan spesifik atau non spesifik yang ada pada substrat ­(Karatan and Watnick, 2009; Hoffman et al, 2005). Mikroba yang terorganisasi dalam biofilm dapat menghasilkan substansi yang sangat efektif yang tidak dapat dihasilkan secara individual (Matz dalam www.InfoNIAC.com). Oleh sebab itu, dipercaya bahwa biofilm merupakan sumber senyawa biokimia baru.
Biofilm  telah menjadi bagian yang tak terpisahkan dari siklus hidup  prokariot karena telah menjadi strategi penting untuk dispersi  membentuk niche yang baru,  bertahan hidup pada lingkungan ekstrim, serta bertahan terhadap antibiotik, desinfektan, phagosit dan sistem imun.

APAKAH BIOFILM ITU ?

Biofilm merupakan suatu agregat mikroba sejenis maupun berbeda jenis yang melekat pada permukaan substrat biologis maupun non biologis, dimana satu sel dengan sel yang lainnya saling terikat dan melekat pada substrat dengan perantaraan suatu matrik extracellular polymeric substance (EPS) atau disebut juga exopolysaccharide (Hall-Stoodley, 2004; Madigan et al, 1997).
Biofilm adalah lapisan yang terbentuk oleh koloni sel-sel  mikroba dan melekat pada permukaan substrat, berada dalam keadaan diam, karakter berlendir, dan tidak mudah terlepas (Madigan et al, 1997). 

DIMANAKAH BIOFILM DAPAT DITEMUKAN ?
Berbagai kajian  tentang  mikroba yang  mengkolonisasi permukaan substrat menunjukkan bahwa  semua mikroba tumbuh  pada permukaan dengan membentuk biofilm. Biofilm terbentuk khususnya secara cepat dalam sistim yang mengalir yang memungkinkan aliran nutrien yang kontinyu bagi koloni dalam biofilm. Karakter lapisan berlendir pada biofilm dapat dirasakan dan dilihat dengan mata telanjang.
Biofilm dapat ditemukan pada permukaan substrat padat yang bersifat biotik maupun abiotik yang terbenam air dan lembab.  Substrat biotik misalnya daun dan batang tumbuhan air, daerah perakaran, kulit dan gigi hewan air, serta usus manusia. Substrat abiotik misalnya jaringan implant,  peralatan medis,  partikel tanah, batu-batuan, pipa saluran air, bagian bawah galangan kapal, serta substrat lain yang tergenang air.
Biofilm dapat tumbuh pada lingkungan ekstrim mulai dari lingkungan yang sangat asam sampai alkalin, sumber air panas, air asin, sampai ke daerah yang sangat dingin seperti di Antartika (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm). 

PEMBENTUKAN BIOFILM
Satu komponen biofilm dapat terdiri dari berbagai jenis mikroba, seperti bakteri, archaea, protozoa, fungi, dan alga. Setiap jenis mempunyai peranan matabolik yang berbeda selama tahap pembentukan biofilm.  Namun, kebanyakan biofilm  terbentuk oleh  sel dari spesies yang sama dibawah kondisi tertentu (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm). 

Secara umum, faktor yang mempengaruhi pembentukan dan pertumbuhan biofilm antara lain laju penetrasi nutrient, kelembaban lingkungan terutama daerah permukaan substrat, pH, aerobisitas area dalam biofilm, tegangan permukaan, serta keheterogenan dan homogenan populasi (Beech et al, 2005; http://xnet.rrc.mb.ca/davidb/biofilms.htm).  Mikroba mengembangkan berbagai mekanisme untuk melekat pada substrat. Menurut Aparna dan Yadav (2008), perlekatan  mikroba pada substrat tampaknya diinduksi oleh sinyal lingkungan seperti perubahan nutrien, konsentrasi nutrien, pH, temperatur, konsentrasi oksigen, osmolaritas, dan besi (Gambar 1). Namun jenis sinyal yang dibutuhkan  berbeda  pada  setiap jenis mikroba.

Adapun jenis material substrat sangat kecil bahkan tidak mempunyai efek terhadap pembentukan biofilm. Menurut Mayette (1992) dalam  http://www.esdstrom.com,  belum ditemukan mikroba yang tidak mampu membentuk biofilm pada material pipa apapun jenisnya.  Mikroba mempunyai kemampuan adhesi yang sama pada semua jenis substrat, seperti stainless steel, Teflon, PVC dan  PVDF (Kynar). Oleh sebab itu,  kemampuan bakteri dalam menghasilkan berbagai jenis enzim, dalam hal ini ektoenzim dan ekternal enzim,  merupakan faktor utama yang sangat penting dalam menginisiasi terbentuknya interaksi antara sel dan substrat (Beech et al, 2005).

 

Gambar 1. Karakteristik lingkungan dan kultur yang berpengaruh terhadap seleksi biofilm multispesies.


Banyak jenis bakteri mempunyai adhesin yaitu makromolekul khusus yang  berfungsi untuk  mengikatkan diri pada  reseptor permukaan. Pili adalah salah satunya. Hidrofobisitas dinding sel juga penting  dalam meningkatkan afinitas sel terhadap permukaan substrat.  Dengan mengubah komposisi lipid dan protein pada outer membran, maka akan terjadi perubahan muatan dan hidrofobisitas sehingga dinding sel  menjadi lebih hidrofobik (Mayette, 1992 dalam http://www. esdstrom.com).  Namun, selain pili dan hidrofobisitas dinding sel, adhesi bakteri pada permukaan dimediasi oleh  struktur lain berupa matriks mucopolysaccharide  yang diekskresikan oleh koloni (Neidhardt et al, 1990) atau extracellular polymeric substances (EPS). 

EPS dapat berupa kapsul sebagai bagian integral dari matriks biofilm, yang kemudian dapat dilepaskan ke lingkungan (media cair)  sebagai suatu planktonik atau free EPS. Pada umumnya, EPS yang dihasilkan oleh mikroba merupakan campuran makromolekul kompleks seperti protein, polisakarida, lipid, dan asam nukleat, dimana komposisinya  berbeda pada masing-masing jenis mikroba, status phisiologi sel, dan berbagai faktor lingkungan lain (Wingender et al, 1999 and  references therein).

Terdapat lima tahap pembentukan biofilm pada substrat.

Tahap pertama. Terbentuknya biofilm dimulai dengan perlekatan sel mikroba planktonik pada permukaan substrat.  Meskipun mikroba mempunyai kemampuan adhesi yang sama pada semua jenis substrat, namun sifat permukaan yang kasar lebih disenangi,  dan lebih cepat terbentuk pada material hidrofobik seperti teflon dan  plastik dibandingkan  pada gelas dan logam (Aparna and Yadav, 2008).  Sel-sel pada tahap perlekatan awal tidak melekat dengan kuat karena hanya mengandalkan kekuatan ikatan van der Waals. Setelah itu, koloni akan mengikatkan diri lebih kuat pada permukaan dengan menggunakan pili. Selama tahap ini, sel bakteri mengalami pertumbuhan logaritmik.

Koloni awal berperan sebagai fasilitator bagi sel lainnya untuk mencari sisi perlekatan selanjutnya sebagai tempat pembuatan matriks biofilm. Bagi sel-sel yang tidak mampu melekat pada permukaan, melalui suatu quorum sensing (QS), sel tersebut berperan memacu sel-sel dalam koloni untuk  pembentuk matriks. Pada Pseudomonas aeruginosa, N-Acyl homoserine lactones (AHL) diketahui merupakan molekul  sinyal yang berperan penting dalam pensinyalan sel (cell signaling) (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm; Aparna and Yadav, 2008).
Perlu diketahui bahwa perkembangan dan integritas struktur biofilm sangat tergantung pada QS yaitu molekul ekstraseluler, pheromon, yang dapat meningkatkan komunikasi diantara bakteri. Viabilitas atau kelangsungan hidup komunitas biofilm tergantung pada respon gen terhadap stres dan penghantaran sinyal yang diterima melalui QS yang didifusikan (Aparna and Yadav, 2008).  


Gambar 2. A) Perkembangan biofilm pada substrat. B) Photomicrograph perkembangan biofilm. Terdapat 5 tahap pembentukan biofilm yaitu 1) perlekatan awal pada substrat, 2) perlekatan irreversibel, 3) maturasi I, 4) maturasi II, dan 5)  dispersi. Matrik biofilm  tersusun dari EPS, protein, dan DNA, dimana EPS tersusun dari 50-90% karbon organik.  Pada masing-masing tahap diperlukan komponen dan molekul yang berbeda dalam peranannya membentuk biofilm, misalnya flagellae, pili type IV, DNA, dan eksopolisakarida. (Image: http://xnet.rrc.mb.ca/davidb/biofilms.htm)

Tahap kedua,  bakteri  mengalami multiflikasi sambil mengeluarkan sinyal kimia untuk berkomunikasi secara internal. Substansi EPS mulai dihasilkan berdasarkan mekanisme genetik.  EPS kemudian akan mentrap nutrien dan bakteri planktonik. Agregat sel terbentuk sementara motilitas sel menjadi semakin menurun sejalan dengan semakin progresifnya lapisan agregat (Aparna and Yadav, 2008).
Tahap ketiga. Selama  tahap maturasi, biofilm terus tumbuh sejalan dengan pertumbuhan  koloni. Semakin lama biofilm semakin berkembang dengan pertambahan ukuran dan perubahan bentuk (Gambar 1) (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm).  Pada tahap ini,  ketebalan  biofilm lebih dari 10 µm (Aparna and Yadav, 2008).
Tahap keempat.  Ketebalan lapisan biofilm pada tahap ini mencapai lebih dari 100mm (Aparna and Yadav, 2008) dan dapat mencapi  300-400 mm seperti yang dibentuk oleh algal mats (Characklis, 1990 dalam http://www. esdstrom.com). Pada tahap dispersi, sel-sel dalam koloni akan terlepas sendiri atau bersama sebagian komponen matriks.  Pada tahap ini, matriks ekstraseluler biofilm akan didegradasi oleh  enzim dispersin B dan deoxyribonuclease (Kaplan et al, 2003; Izano et al, 2008), sekaligus enzim tersebut dapat dimanfaatkan sebagai agen anti-biofilm  (Kaplan et al, 2004; Xavier et al, 2005). Pada  Pseudomonas aeruginosa dan Candida albicans,  asam lemak cis-2-decenoic acid diketahui mampu menginduksi dispersi dan menghambat pertumbuhan koloni biofilm (Davies et al, 2009). Beberapa penelitian terakhir  menyebutkan bahwa biofilm  memiliki struktur yang kompleks dan dinamis.
Tahap kelima.  Biofilm akan memasuki tahap kelima beberapa hari setelah tahap keempat. Pada tahap ini .terjadi disperse sel  sehingga memungkinkan beberapa bakteri meninggalkan  biofilm  untuk berkembang kembali menjadi sel planktonik. 

ESENSI BIOFILM BAGI MIKROBA
DAN PENGARUHNYA BAGI LINGKUNGAN

Biofilm sangat penting artinya bagi mikroba itu sendiri yaitu  sebagai sistem proteksi terhadap lingkungan fisik yang ekstrim misalnya kekurangan nutrien, perubahan pH, suhu, dan kekeringan juga terhadap senyawa kimia yang merugikan seperti antibiotik, deterjen, desinfektan, dan agen anti biofouling .  Bila lingkungan berubah menjadi ekstrim, pertumbuhan sel-sel dalam biofilm akan bertahan pada fase stationer.  Matriks biofilm berfungsi sebagai 1) protektan bagi populasi, 2) memfasilitasi komunikasi antar sel melalui sinyal biokimia, serta 3) membantu distribusi nutrien dan sinyal kimia  seperti yang ditemukan pada beberapa biofilm pada saluran air. Begitu kuatnya matriks tersebut dalam memproteksi mikroba,  sehingga tidak jarang biofilm juga dapat memfosil (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm; http://xnet.rrc.mb.ca/davidb /biofilms.htm). 
 Terdapat perbedaan signifikan pada spesies mikroba yang sama, antara yang hidup dalam biofilm dengan yang hidup planktonik. Biofilm membantu mikroba dalam meningkatkan daya resistensinya. Sel-sel mikroba  sesil tersebut melepaskan antigen  yang dapat menstimulasi  antibodi host, namun  antibodi tersebut  tidak efektif membunuh  biofilm meskipun pada host yang  memiliki reaksi imunseluler dan humoral yang berkembang dengan baik (Aparna and Yadav, 2008). Sejalan dengan itu,  populasi dalam biofilm dapat mengembangkan kemampuan resistensinya bahkan dapat meningkat  1000 kali lipat  (Stewart and Costerton,  2001).  Dengan kata lain bahwa matriks biofilm melindunginya dari pengaruh senyawa kimia merugikan sehingga mereka lebih kooperatif dan dapat berinteraksi dengan lingkungan. Namun tidak semua jenis mikroba biofilm mempunyai resistensi yang kuat terhadap senyawa antimikroba. Contohnya,  Pseudomonas aeruginosa, bentuk biofilmnya tidak lebih resisten bila dibandingkan dengan bentuk sel planktoniknya pada phase stasioner, meskipun biofilm lebih resisten dibandingkan dengan  sel planktonik  pada phase logaritmik. Kemampuan sesistensi pada phase stasioner dan biofilm kemungkinan karena adanya sel-sel yang memang menjadi lebih resisten saat memasuki phase tersebut atau  bahkan sel tersebut memang bersifat resisten (Spoering and Lewis, 2001).
Tingkat ketahanan mikroba dalam biofilm terhadap  berbagai  antibiotik yang diujikan dapat dilihat  dari hasil penelitian Merle et al, (2002) sebagai berikut:
-       Arcanobacterium (Actinomyces) pyogenes, Staphylococcus aureus, Staphylococcus hyicus, Streptococcus agalactiae, Corynebacterium renale, atau  Corynebacterium pseudotuberculosis yang terorganisasi dalam biofilm, tidak dapat terbunuh oleh antibiotik yang diujikan, namun  bentuk planktoniknya  sensitif  antibiotik pada konsentrasi rendah.
-       Streptococcus dysgalactiae dan Streptococcus suis,  baik dalam bentuk biofilm maupun panktonik tetap sensitif terhadap penicillin, ceftiofur, cloxacillin, ampicillin, dan oxytetracycline. 
-       Escherichia coli planktonik  sensitif terhadap enrofloxacin, gentamicin, oxytetracycline dan trimethoprim/ sulfadoxine. Enrofloxacin dan gentamicin masih efektif terhadap E. coli dalam bentuk biofilm.
-       Salmonella spp. dan  Pseudomonas aeruginosa planktonik diketahui sensitif dengan  enrofloxacin, gentamicin, ampicillin, oxytetracycline, dan trimethoprim/ sulfadoxine, namun dalam bentuk biofilm, bakteri tersebut hanya sensitif terhadap enrofloxacin.

Biofilm juga merupakan bentuk pertahanan mikroba terhadap phagosit  dan sistem imun. Contoh mekanisme kimia  yang dikembangkan untuk bertahan dapat dilihat pada bakteri yang hidup di laut. Beberapa jenis bakteri laut menghasilkan pigmen violacein yang dapat mengubah warna biofilm menjadi ungu muda (soft purple). Violacein merupakan antibiotik yang mempunyai banyak kemampuan termasuk bersifat bactericidal (Rettori and Duran, 1998; and references therein) . Bila biofilm diinvasi oleh organisme lain, maka invader  akan memakan sel-sel biofilm bersama dengan pigmen violacein. Oleh karena itu, violacein menjadi salah satu mekanisme membunuh dengan dampak paralisis pada invader (www.InfoNIAC.com).
Biofilm juga telah dijadikan strategi penting untuk dispersi  membentuk niche yang baru. Mikroba dalam bentuk biofilm sangat cepat mendominasi lingkungan yang baru dengan adanya sinergi antara spesies dan metabolisme yang dihasilkan. Bila biofilm telah mencapai tahap maturitas tertentu, maka sel akan menghasilkan enzim seperti dispersin B, deoxyribonuclease, dan asam lemak cis-2-decenoic acid  yang berperan dalam menghambat terbentuknya biofilm sehingga sel dapat terlepas ke lingkungan sebagai  planktonik maupun membentuk biofilm yang baru.
Substansi biofilm sangat mungkin untuk dijadikan sebagai sumber agen bioaktif baru karena pada saat terorganisasi dalam biofilm, mikroba menghasilkan substansi yang sangat efektif yang tidak dapat diproduksi  sendiri secara individu (Carsten Matz dalam www.infoniac.com). Oleh sebab itu, banyak peneliti yang mengatakan bahwa biofilm dapat dijadikan sebagai dasar pengembangan obat parasiticidal baru (www.infoNIAC.com).
Di bidang pencemaran lingkungan, biofilm  memegang peranan yang sangat penting.  Misalnya, membantu mengeliminasi petroleum oil yang mengkontaminasi laut, khususnya berkat kemampuan hydrocarbonoclastic bacteria (HCB) melalui mekanisme aktivitas degradasi hidrokarbon ( hydrocarbon-degrading) (Martins et al, 2008).
Kemampuan kolonisasi mikroba pembentuk biofilm telah memberikan dampak buruk juga diberbagai bidang.  Beberapa masalah yang ditimbulkan oleh pembentukan biofilm antara lain:
1)    Kerusakan pada peralatan.
2)    Kontaminasi pangan,  produk farmasi, dan medis.
3)    Kehilangan energi dan tidak efisiennya transfer energi.
4)    Infeksi medis dan  penyakit pada tumbuhan.
5)    Resistensi antibiotik.

Kerusakan pada peralatan.
Di lingkungan laut, suksesi kerusakan secara ekologi pada permukaan benda/substrat misalnya karet, pastik, kayu, dan  besi,  diinisiasi oleh perlekatan secara permanen mikroba laut yang bersifat heterotrofik (Disalvo dan Daniels, dalam Atlas1975). Selanjutnya, akan diperparah oleh inveretebrata seperti cacing teredo, molusca, bernacle, polycaheta, brachopoda, sponges, dan bryozoa. Dibawah kondisi euphotik, mikroalga dan makroalga juga berperan dalam kerusakan tersebut (Sieburth dalam Atlas, 1993). 
Biofilm dapat tumbuh dengan baik pada shower karena didukung oleh  lingkungan yang berubah lembab dan hangat dari air yang mengalir.  Biofilm  juga dapat terbentuk pada  bagian dalam pipa sehingga mengakibatkan  penyumbatan dan korosi (http://en.wikipedia.org/wiki/Biofilm).
Pada sistem pembuangan atau pengolahan  limbah, terdapat  berbagai macam organisme termasuk bakteri,  protozoa, dan rotifera. Biasanya sistem tersebut  dilengkapai  oleh penyaring. Penyaring tersebut seringkali  ditutupi oleh biofilm. Bakteri yang terdapat dalam biofilm berperan dalam  menangkap materi  organik dan menguraikannya, sedangkan protozoa dan rotifera berperan dalam  menguraikan dan membuang suspensi padat, termasuk patogen dan mikroba (http://en.wikipedia. org/wiki/Biofilm).

Kontaminasi pangan, produk farmasi, dan medis.
Biofilm yang terbentuk di lantai dan permukaan meja kerap menjadi penyebab  terjadinya kontaminasi pada makanan selama proses preservasi  dan preparasi (Characklis et al,  1981). Selain  itu, biofilm juga dapat terbentuk  pada permukaan luar alat-alat implant seperti catheters, cardiac valves, dan intrauterine (Auler et al, 2009).

Kehilangan energi dan  tidak efisiennya transfer energi.
Biofilm yang terdapat pada sistem pendingin air  diketahui dapat mereduksi  transfer panas (Characklis et al,  1981).
Infeksi medis dan penyakit pada tumbuhan.
Sekitar 80% dari semua penyakit infeksi  mikrobial pada manusia  diketahui berhubungan dengan biofilm (http://grants.nih.gov.html). Misalnya, infeksi saluran urin, infeksi  catheter, infeksi telinga tengah, pembentukan dental plaque dan  gingivitis (Karatan  and Watnick, 2009), terbentuknya lapisan pada  lensa kontak (Imamura et al, 2008), endocarditis, infeksi cystic fibrosis, dan infeksi permanen pada sambungan prostheses dan heart valves (Lewis, 2001; Parsek and Singh, 2003). Pada hampir 80% dari seluruh pasien pengidap sinusitis kronis, ditemukan biofilm pada jaringan sampel operasinya yang  ditandai dengan cilia dan sel goblet yang  tidak normal (cenderung seperti hilang/lebih pendek) (Sanclement et al, 2005).
Contoh yang paling sering mengemuka mengenai hubungan biofilm dengan penyakit gigi adalah  dental caries. Polimer  air ludah dan produk ekstraseluler bakteri biofilm akan membentuk dental plaque pada gigi semua jenis hewan. Gigi yang terkena dental plaque dan tidak segera dibersihkan,  akan cepat mengalami tooth decay/ dental caries/ cavity yaitu penyakit yang disebabkan oleh bakteri dengan cara merusak bagian gigi yang keras seperti enamel, dentin, dan cementum sehingga terbentuk lubang pada gigi. Streptococcus mutans dan Lactobacillus merupakan dua kelompok bakteri yang berperan dalam inisiasi caries. Selain itu dental plaque akan berakibat pada gum disease yaitu gingivitis atau inflamasi pada gusi, dan periodontitis atau sakit pada jaringan periodontium yang mengelilingi dan memperkuat gigi.
Neisseria gonorrhoeae   merupakan patogen  manusia yg sangat spesifik, dapat membentuk biofilm pada permukaan gelas dan sel manusia. Bakteri ini. diketahui sebagai penyebab dermatitis-arthritis syndrome, penyakit conjunctivitis, pharyngitis, proctitis atau urethritis, prostatitis dan orchitis serta infeksi genital seperti pelvic inflammatory. Gejala infeksinya berbeda-beda tergantung dari  bagian tubuh yang terinfeksi (Apicella et al, 2010).
Legionellosis adalah penyakit yg disebabkan oleh  Legionella, biasa menginfeksi pekerja pada tower pendingin, orang yang beraktivitas di ruangan ber-AC, dan  pengguna shower yang tidak didesain, dikonstruksi, dan dipelihara  dengan baik sehingga tercemar  oleh Legionella (Murga et al,  2001).
Biofilm juga dapat terbentuk pada permukaan dan dalam jaringan tumbuhan dan mengakibatkan penyakit tumbuhan (http://www.cs.montana. edu.htm).  Contoh penyakit tumbuhan yang berhubungan dengan biofilm antara lain  Citrus Canker pada jeruk,  Pierce's Disease pada anggur, dan Bacterial Spot pada banyak tumbuhan termasuk tomat dan cabai  (http://grants.nih.gov.html).
Tingginya  persentase keterlibatan biofilm dalam berbagai penyakit infeksi disebabkan karena adanya berbagai mekanisme patogenik yang dikembangkan oleh biofilm, antara lain 1) melekat pada permukaan substrat, 2) membelah  dengan intensitas tinggi  untuk meningkatkan efisiensi metabolik komunitasnya, 3) menghindar dari mekanisme defens inang (phagositosis), 4)  meningkatkan jumlah sel, 5)  mengubah gennya sehingga menjadi strain yang lebih virulen, 6) memproduksi toksin dalam jumlah yang banyak, 7) memproteksi diri dari agen antimikroba, dan 8) menyebarkan dan mentransmisi  agregat ke tempat yang baru (Aparna and Yadav, 2008).
 
Resistensi antibiotik.      
Biofilm sendiri merupakan bentuk mekanisme pertahanan mikroba. Misalnya, sel fagosit sulit menelan  bakteri dalam bentuk biofilm. Selain itu, biofilm lebih resisten  terhadap senyawa antimikroba dibandingkan dengan sel planktonik.  Contohnya, chlorinasi terhadap biofilm seringkali gagal karena hanya dapat membunuh bakteri pada lapisan bagian luar biofilm. Resikonya bahwa, bila agen antibakteri diaplikasikan berulang-ulang dapat meningkatkan resistensi  biofilm.

RISET TENTANG BIOFILM

Banyak manfaat dan kerugian yang ditimbulkan oleh  biofilm sehingga, berbagai aspek  mengenai biofilm mikroba terus mendapatkan perhatian yang tinggi untuk diteliti. Penelitian biofilm sangat berkembang sejak satu dekade terakhir yang mencakup penelitian dasar seperti genetika molekuler, fisiologi, morfologi dan anatomi, ekologi maupun terapan seperti dampak biofilm diberbagai industri seperti makanan, kesehatan, teknik perairan, perkapalan, dan lain lain. Tujuannya bervariasi, mulai dari mempelajari proses pembentukan dan faktor-faktor yang mempengaruhinya, keanekaragaman spesies,  pewarisan secara genetik sampai kepada dampak yang ditimbulkan diberbagai bidang seperti lingkungan, industri kesehatan, maupun tentang pemanfaatannya serta bagaimana usaha pengendaliannya sehingga akibat yang merugikan dapat diminimalkan. Bahkan berbagai pusat pengkajian biofilm sudah didirikan seperti The Center for Biofilms Engginering USA, dan di banyak negara seperti Australia, Canada, dan Inggris. 

Ditulis oleh Ernin Hidayati 
(Terbuka untuk di edit, kritikan, dan saran)


REFERENSI
Aparna, M.S. and S. Yadav, 2008,  Biofilm: microbes and disease,  Brazilian Journal of Infectious Diseases, 12:6. (Review Article). doi: 10.1590/S1413-86702008000600016.  Print version ISSN 1413-8670.
Apicella, M. et al., 2010,  Gonococcal Biofilms  Neisseria: Molecular mechanisms of pathogenesis,  Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-51-6.
Auler, M. E.,  D. Morreira,  F.F. Rodrigues,  M.S. Abrao, P.F.  Margarido, F.E. Matsumoto,  E.G. Silva, B.C. Silva, R.P. Schneider,  and C.R. Paula, 2009,  Biofilm formation on intrauterine devices in patients with recurrent vulvovaginal candidiasis,  Med Mycol.,  Apr 7, pp:1-6. (Abstract). (http://www. ncbi. nlm.nih.gov/pubmed/19353374).
Carsten Matz, Biofilm Bacteria Protect Themselves With Chemical WeaponsInfoNIAC.com 2007 – 2009, Powered by www.infoniac.com.
Characklis, 1990,  Size, Proportions, and Watering Systems. (http://www. esdstrom.com).
Characklis, W.G., M.J. Nimmons, and B.F. Picologlou, 1981, Influence of fouling biofilms on Heat transfer, Heat Trans. Eng., 3, pp: 23–37.
Davies, D.G., and C.N.H. Marques, 2009, A fatty acid messenger is responsible for inducing dispersion in biofilms, Journal of Bacteriology, 191:5, pp:. 1393-1403.
Hall-Stoodley, L, J.W. Costerton, P. Stoodley, 2004, Bacterial biofilms: from the natural world to infectious disease,  Nat. Rev. Microbiol., 2:2, 95–108. doi:10.1038/nrmicro821. PMID 15040259. (http://www.nature.com/ nrmicro/ journal/v2/n2/abs/nrmicro821.html).
Hoffman, L.R.,  D.A. D'Argenio, M.J. MacCoss, Z. Zhang, R.A. Jones, S.I. Miller, 2005, Aminoglycoside antibiotics induce bacterial biofilm formationNature 436:7054,  1171–5. doi:10.1038/nature03912. PMID 16121184. (http://www.nature.com/nature/journal/v436/n7054/full/nature03912.html).
Imamura, Y., J. Chandra, P.K. Mukherjee, A.A. Lattif, L.B. Szczotka-Flynn, E. Pearlman,  J.H. Lass, K. O'Donnell, M.A. Ghannoum, 2008, Fusarium and Candida albicans Biofilms on Soft Contact Lenses: Model Development, Influence of Lens Type, and Susceptibility to Lens Care Solutions,  Antimicrob. Agents Chemother, 52:1, pp: 171–182. doi:10.1128/AAC. 00387-07PMID 17999966
Izano,  E.A.,  M.A. Amarante,  W.B. Kher,  and J.B. Kaplan, 2008, Differential roles of Poly-N-Acetylglucosamine Surface Polysaccharide and Extracellular DNA in Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis Biofilms,  Applied and Environmental Microbiology, 74:2,  pp:. 470-476.
Kaplan, J.B., C. Ragunath, N. Ramasubbu, and D.H. Fine, 2003, Detachment of actinobacillus actinomycetemcomitans biofilm cells by an Endogenous ß-Hexosaminidase Activity,  Journal of Bacteriology, 185:16, pp: 4693-4698.
Kaplan, J.B., C. Ragunath, K. Velliyagounder, D.H. Fine, and N. Ramasubbu, 2004, Enzymatic Detachment of Staphylococcus epidermidis Biofilms,  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 48:7, pp:2633-2636.
Karatan,  E.  and  P. Watnick, 2009,  Signals, regulatory networks and materials that build and break bacterial biofilms,  Microbiol. Mol. Biol. Rev.,  73:2, 310–47. doi:10.1128/MMBR.00041-08. PMID 19487730 (http://mmbr. asm.org/cgi/content/abstract/73/2/310).
Lewis, K., 2001,  Riddle of biofilm resistance,  Antimicrob. Agents Chemother. 45:4,  999–1007. doi:10.1128/AAC.45.4.999-1007.2001. PMID 11257008. (http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=90417). 
Madigan, M.T., Martinko, J.M.  and J. Parker, 1997, Brock: Biology of Microorganisms,  8th ed.,  Prentice-Hall, Inc., USA.
Martins, V.A.P. et al., 2008, Genomic Insights into Oil Biodegradation in Marine Systems, Microbial Biodegradation: Genomics and Molecular Biology, Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-17-2. (http://www. horizonpress.com/biod).
Merle, E. O., H. Ceri,  W. Douglas,  Morck, A.G. Buret, and R. R. Read, 2002,  Biofilm bacteria: formation and comparative susceptibility to antibiotics, Canadian J Veterinary Res., 66:2,  pp:86–92.
Murga,  et al., 2001, Microbiology 147: Role of biofilms in the survival of Legionella pneumophila in a model potable-water system, pp: 3121–3126.
Neidhardt, F.C., J.L. Ingraham, and M. Schaechter, 1990, Physiology of the bacterial cell: A Molecular Approach, Sinauer Associates, Inc., Massachusetts.
Parsek, M. and  P. Singh, 2003, Bacterial biofilms: an emerging link to disease pathogenesis,  Annu. Rev. Microbiol., 57,  677–701. doi:10.1146/annurev. micro.57.030502.090720. PMID 14527295.
Rettori, D. and N. Durán, 1998, Production, extraction and purificationof violacein: an antibiotic pigment producedby Chromobacterium violaceum, Journal of Microbiology and Biotechnology,  4:5, pp: 685-688. (Abstract). doi: 10.1023/A:1008809504504, ISSN: 0959-3993 (Print) 1573-0972 (Online).
Sanclement, J., P. Webster, J. Thomas, H. Ramadan, 2005, Bacterial biofilms in surgical specimens of patients with chronic rhinosinusitis,  Laryngoscope 115:4, pp: 578–82. PMID 15805862.
Spoering, A. And K. Lewis, 2001, Biofilms and Planktonic Cells of Pseudomonas aeruginosa have Similar Resistance to Killing by Antimicrobials, Journal of Bacteriology, 183:123, pp: 6746–6751. doi:10.1128/JB.183.23.6746-6751.2001.
Stewart, P. and J. Costerton, 2001, Antibiotic resistance of bacteria in biofilms,  Lancet, 358:9276, pp: 135–8. doi:10.1016/S0140-6736(01)05321-1. PMID 11463434.
Xavier, J.B., C. Picioreanu, S.A. Rani, M.C.M.V. Loosdrecht, and P.S. Stewart, 2005, Biofilm-control strategies based on enzymic disruption of the extracellular polymeric substance matrix – a modelling study, Microbiology, No.151, pp. 3817-3832.
INTRODUCTION TO BIOFILMS, Section 3: How do biofilms impact our world? (http://www.cs.montana.edu/ross/personal/intro-biofilms-s3.htm).
RESEARCH ON MICROBIAL BIOFILMS  (http://grants.nih.gov/grants/guide/
          pa-files/PA-03-047.html).